Les premiers habitants vécurent à la Cueva de las Arañas (Grotte des Araignées) au troisième et quattrième millénaire avant J.C.. Aprés, un village ibérien fortifié du IV siècle a.J.C. s'est créé à cette zone, qui, à partir du I siècle après J.C., avec l'arrivée des romains, s'est appellée 'Portus Illicitanus', un des ports chef du commerce maritime. De cette époque l'on conserve encore beaucoup de restes archéologiques. À partir du XVIII siècle la population se concentre autour du château, noyau à partir duquel se développe la ville. De nos jours, Santa Pola est une munnicipalité touristique qui possède la flotte de bateaux de pêche la plus importante de la Méditerrannée.